超微細粉碎技術對于中草藥粉碎具有重要的意義，但是中草藥在超微粉碎過程中也會經常遇到一些難題。中藥超微粉碎的個難題是纖維性較強。中藥材的根、莖、葉一般起到貯藏、輸送、固著等作用，但是這些部位的顯著特點是纖維性較強。常見的中藥中有37%的中草藥為根或根莖類，如人參、甘草、黃芪、當歸等。

　　中草藥超微粉碎的第二大難點就是含油性、粘液質、多糖等成分較多的種子、果實和花類。常見的如枸杞子、生熟地、柏子仁等。這類物料粉碎時一般都要進行一定的前處理，不能直接粉碎。比如，烘干處理，然后混合粉碎，即摻入一些干性的物料來吸收其粘性和油性等，同時粉碎機配置低溫裝置，如水冷卻、冷凍機冷卻等，避免溫度的升高產生粘結現象。

　　中草藥的根、莖、葉、果多屬于生物活性物質與熱敏性物質，在粉碎加工中存在諸多難點。若采用普通粉碎機，粉碎過程會產生大量的熱，使物料升溫生物活性物料中的熱敏性物質與生物活性物質會因粉碎過程中的升溫過高失活或損失，令熱敏性物料的性能指標降低或大部分失效。粉碎過程中也會引起物料的變性或變質，如果這種變性不是我們需要的，將會導致廢品率升高。因此研制開發與推廣一種適應于中草藥的超微粉碎設備具有重要的現實意義。